Desde 2022, el debate sobre el canon del agua ha sido un tema recurrente en las discusiones políticas de la región. El Partido Popular (PP) ha criticado vehementemente la implementación y posterior reanudación de este impuesto, argumentando que debería ser cancelado definitivamente en lugar de suspenderse temporalmente. Sin embargo, las Cortes han rechazado nuevamente una resolución del PP para eliminar el canon, apoyándose en la mayoría socialista. La controversia ha revivido en 2025, con el consejero de Hacienda, Juan Alfonso Ruiz Molina, defendiendo el impuesto como resultado de un mandato de la Comisión Europea, insistiendo en que las recaudaciones se destinarán a mejorar infraestructuras hidráulicas.

Las críticas del PP se concentran en la demora de veinte años en la aplicación de la directiva europea y en la carga que genera para los ayuntamientos, que además deben pagar por su propio consumo. Santiago Serrano, portavoz del PP, acusa al gobierno regional de usar el canon como un medio para recaudar más fondos sin mostrar mejoras evidentes en las infraestructuras locales. Por otro lado, el diputado de Vox se suma a la crítica etiquetando el impuesto como un «impuestazo». En defensa del PSOE, Silvia Fernández destaca que la comunidad ha tardado en aplicar el canon y que es de los menos gravosos para los vecinos, anunciando la implementación de nuevas bonificaciones. El debate se extiende también a las transferencias económicas a municipios, con cifras que muestran un aumento en las contribuciones, según el consejero de Hacienda, en comparación con administraciones anteriores.

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